Presso Peschiera esce l'emissario del lago di Garda, il Mincio. La costruzione della città murata di Peschiera circondata dalle acque ha modificato il percorso naturale del fiume: per permettere la difesa della città, infatti, sono stati costruiti tre rami di uscita dal lago che si riuniscono poi a sud dell'abitato.
È inoltre punto d'inizio di una pista ciclabile di 43.5 km, che transita lungo le alzaie del fiume Mincio, tra le città di Peschiera del Garda e Mantova. La partenza, se si segue il tragitto nord-sud, è presso il viadotto ferroviario di Peschiera del Garda. La pista inizia sul lato destro del Mincio, passando nel lato sinistro subito prima del paese di Monzambano, presso la diga di Salionze.[4]
La città dispone di un'importante stazione ferroviaria sulla linea Milano-Venezia dove fermano treni Frecciabianca e EC, e anche i regionali e regionali veloci della linea Brescia-Verona. Fino al 1967, vi faceva capo anche la ferrovia Mantova-Peschiera.
Peschiera è anche dotata di un casello autostradale sull'Autostrada A4 ed è attraversata dalle strade regionali (ex statali) 11 Padana Superiore e 249 Gardesana Orientale.
Dal porto sono raggiungibili tramite battelli tutti i paesi del lago di Garda.
